V dňoch 19.-21. októbra 2006 sa v švédskej Uppsale uskutočnila rektorská konferencia univerzít siete Programu Baltskej univerzity (BUP). Medzi zástupcami z takmer deväťdesiatich univerzít Baltského regiónu nechýbali ani hostia zo Slovenska a Česka.
Cieľom konferencie bolo prediskutovať možnosti ďalšej spolupráce medzi univerzitami v sieti BUP a oboznámiť sa s organizačným zabezpečením celého programu v najbližších rokoch. Sekretariát, ktorý 15 rokov riadil činnosť Centier BUP v 14 krajinách regiónu, sa začlenil do štruktúry Uppsalskej univerzity v rámci Centra vzdelávania pre udržateľný rozvoj. Navyše, po vstupe viacerých krajín regiónu do EÚ sa mení aj spôsob financovania aktivít BUP.
Na záver konferencie reprezentanti jednotlivých univerzít slávnostne podpísali dvojstranné dohody s Uppsalskou univerzitou týkajúce sa účasti v sieti BUP (2+2 roky) a príspevku na zabezpečenie aktivít v roku 2007. Signatárom dohody za našu univerzitu bol prof. JÁN SUPUKA, prorektor pre vedeckovýskumnú činnosť.
V oblasti vzdelávania sa SPU zaviazala naďalej zabezpečovať výučbu troch medzinárodných kurzov BUP bakalárskeho (Životné prostredie Baltského mora, Ľudia Baltiku a Udržateľný Baltský región) a jedného kurzu magisterského stupňa (Udržateľné vodné hospodárstvo). Predmety sa budú vyučovať ako voliteľné alebo povinne voliteľné, úplne alebo čiastočne v anglickom jazyku, s využitím medzinárodných študijných materiálov. Predmety budú zaradené do katalógu predmetov a študenti si z nich budú môcť vybrať. Náročnosť kurzov je vyjadrená počtom šiestich kreditov. SPU bude prispievať k aktualizácii študijných materiálov. Výučbu zabezpečia učitelia univerzity v učebniach školy v rámci svojho pedagogického úväzku. Naša univerzita začne s prípravou výučby dvoch medzinárodných kurzov BUP magisterského stupňa (The Sustainable Community Development a Environmental Management). Deklarovala, že je pripravená prispieť k vypracovaniu nového balíka medzinárodného kurzu o zdraví ekosystémov a udržateľnom poľnohospodárstve.
SPU v Nitre začne pripravovať skupinu študentov a učiteľov, ktorí budú v blízkej budúcnosti schopní organizovať medzinárodné konferencie a letné aktivity na Slovensku a zabezpečí učiteľov a doktorandov na realizáciu týchto aktivít. Prejavila záujem zúčastniť sa na výskumných projektoch financovaných EÚ.
Dôležitý je aj záväzok Slovenskej poľnohospodárskej unvierzity v oblasti koordinácie BUP na Slovensku a v Česku. O pôsobenie v Programe Baltskej univerzity prejavila záujem aj Univerzita veterinárneho lekárstva v Košiciach a dohodu o dvojstrannej spolupráci podpísal rektor Ostravskej baníckej univerzity, prof. Tomáš Čermák.