V dňoch 4. - 6. 9. 2006 sa uskutočnil druhý ročník konferencie TRADIČNÉ AGROEKOSYSTÉMY, zameranej na problematiku revitalizácie a trvalo udržateľného využívania tradičných ekosystémov a riešenie sociálno-ekonomického rozvoja vidieka v súlade s programom Politika kvality na Slovensku. Podujatie pripravil Inštitút ochrany biodiverzity a biologickej bezpečnosti, Katedra genetiky a šľachtenia rastlín FAPZ a AGROGENOFOND, n.o. Nitra.
O súčasných poznatkoch v oblasti genetiky zvierat a ich praktickom využití diskutovali účastníci 22. ročníka medzinárodnej vedeckej konferencie DNI GENETIKY, ktorá sa konala 12. - 14. 9. 2006. Organizátorom podujatia bola Katedra genetiky a plemenárskej biológie FAPZ v spolupráci s ďalšími inštitúciami.
Pri príležitosti pätnásteho výročia svojho vzniku zorganizovala Katedra spoločenských vied vedeckú konferenciu na tému PROBLÉMY A PERSPEKTÍVY HUMANIZÁCIE VZDELÁVANIA (13. 9. 2006). Jej cieľom bolo priblížiť obsahovú rozmanitosť a štruktúru ponúkaných predmetov a predstaviť smery pozitívneho rozvoja humanitných disciplín.
Prezentovať najnovšie poznatky v oblasti meracích prístrojov pre pedológiu, hydrológiu, geológiu, vzorkovanie odpadov, pôdneho vzduchu a sedimentov bolo cieľom odborného seminára PRÍSTROJE PRE DIAGNOSTIKU ŽIVOTNÉHO PROSTREDIA, ktorý zorganizovala 18. 9. 2006 Katedra krajinného inžinierstva FZKI.
MANAŽMENT VÝROBNÝCH SYSTÉMOV S PODPOROU INFORMAČNÝCH TECHNOLÓGIÍ A RIADIACEJ TECHNIKY bol názov tretej medzinárodnej vedeckej konferencie, ktorú 19. - 20. 9. 2006 pripravila Katedra strojov a výrobných systémov v spolupráci s ďalšími vedeckými pracoviskami. Zámerom organizátorov bolo poukázať na súčasný stav vo využívaní IT ako podporných nástrojov v spektre výrobných odvetví a na ich možnosti pri racionálnom a efektívnom riadení výrobných procesov.