Vedeckovýskumná činnosť na SPU v Nitre sa dlhodobo sústreďuje na získavanie pôvodných výsledkov a rozvoj poznania v špecifických oblastiach, ktoré počas jej 62-ročnej histórie umožnili vybudovať materiálno-technické zázemie pracovísk, študijných odborov, vyučovaných disciplín, ako aj zázemie pre vedecko-technickú spoluprácu s partnermi v poľnohospodárskej praxi a v zahraničí.
Obsahová štruktúra vedy a výskumu na SPU tradične pokrýva funkcie agropotravinárskeho sektora z hľadiska udržateľnosti produkcie a kvality potravín (technológie, biotechnológie a technika), ale aj z hľadiska ekologicko-environmentálneho (agroekológia) a sociálneho statusu spoločnosti (ekonómia, obnova a rozvoj vidieka, kultúra krajiny, agrodizajn). Ťažiskové tematické oblasti vedeckého výskumu SPU možno systémovo zoskupiť nasledovne:
Udržateľné poľnohospodárstvo a meniace sa prostredie - odráža potreby výskumu širokej oblasti agrobiologických, sociálno-ekonomických a environmentálnych vied. Reflektuje potreby vývoja udržateľných produkčných systémov, chovateľských systémov, agrotechnológií, reťazcov produkcie zdravých potravín a biodiverzitu poľnohospodárskej krajiny. Prináša nové poznatky o zefektívňovaní vody, minerálnej výživy a slnečnej radiácie rastlinami, strategickými plodinami v podmienkach meniacej sa klímy.
Biotechnológie a potravinárske technológie - odrážajú potrebu základného biologického výskumu od úrovne bunky po high-tech a geneticky modifikované produkty. Výskum sa zameriava na udržanie a zvýšenie kvality a bezpečnosti potravín pre výživu a zdravie obyvateľstva. ¢¢Záhradníctvo, krajinná architektúra a formy využívania krajiny – zameriava sa na analýzy prognózovania zmien a využívania krajinného priestoru, geoinformácie a diaľkový prieskum, zvyšovanie poznatkovej úrovne v oblasti záhradníctva, krajinnej architektúry, vodného hospodárstva, krajinného plánovania, klimatických zmien a pod.
Priemyselné a biopriemyselné technológie – cieľom výskumu je technické a technologické využívanie obnoviteľných zdrojov a vývoj nových technicko-výrobných a spracovateľských technológií pre priemysel a agrosektor. Zaznamenali sme zvýšenie flexibility výskumu smerujúceho od optimalizácie agro-technologických prístupov až po aplikovanie informačných technológií, automatizácie a elektroniky z hľadiska udržateľného rozvoja.
Spoločnosť a ekonomika - rieši procesy zmien spoločnosti, správanie vo vzťahu k legislatíve, vývoj a obnovu regiónov, obchodné reťazce, sociálne podnikanie v agropotravinárskom sektore. Do popredia sa čoraz frekventovanejšie dostávajú celospoločenské výzvy vyvolávajúce tlak na aplikovaný výskum a transfer poznatkov do praxe. Úroveň výskumu v mnohých smeroch prerástla z úrovne katedier do multidisciplinárnej úrovne, vybudovaním centier excelentnosti:
Excelentné centrum ochrany a využívania agrobiodiverzity ECOVA je lokalizované na katedrách Fakulty agrobiológie a potravinových zdrojov SPU v Nitre. Cieľom je podpora zvyšovania kvality excelentného výskumu a sietí excelentných pracovísk vo výskume z oblasti trvalo udržateľného využívania a ochrany agrobiodiverzity so strategickým významom pre ďalší rozvoj hospodárstva a spoločnosti. Centrum prispieva k zlepšeniu kvality životného prostredia, a to výskumom v oblasti zachovania biologickej rôznorodosti, ochranou genetických zdrojov (rastliny, zvieratá) v agroekosystéme pre ich trvalo udržateľné využívanie, vytváranie databáz o genetických zdrojoch (genetika, ekofyziológia, výživa, ochrana), využívanie genetických zdrojov (potraviny, potravinové zdroje, bioenergetika), využitie genetických zdrojov v programe rozvoja vidieka (úžitkové a okrasné druhy).
Centrum excelentnosti pre integrovaný manažment povodí v meniacich sa podmienkach prostredia je lokalizované na Fakulte záhradníctva a krajinného inžinierstva, budované spolu s Ústavom hydrológie SAV a Technickou univerzitou vo Zvolene. Zámer bol vytvoriť centrum pre výskum tvorby odtoku a dynamiky zásob vody v pôdach hlavných povodí Slovenska a rozšírenie poznatkovej základne, diagnostiku a prognózovanie hydrologického režimu povodí v podmienkach prebiehajúcej klimatickej zmeny.
Centrum excelentnosti pre bielo-zelenú biotechnológiu lokalizované na Fakulte biotechnológie a potravinárstva predstavuje jedinečné výskumné pracovisko vybavené špičkovou prístrojovou technikou pre kultivácie mikroorganizmov, robotické zariadenia pre skríning kolónií, a pod., a rozvoj agrobiotechnológií.
Významný pokrok v rozvoji aplikovaného výskumu bol zaznamenaný tým, že SPU v spolupráci s UKF a UGaBR SAV v Nitre získala v roku 2013 finančnú podporu ASFEÚ na projekt Vybudovanie výskumného centra „Agro- BioTech“, ktorý bude medziinštitucionálne integrovať spoločný výskumný priestor v oblasti poľnohospodárskych vied. Konzorcium partnerov projektu pripravuje podmienky pre aplikovaný výskum a filozoficky dopĺňa špecializované vedecké pracoviská na katedrách. Taktiež konštituuje centrum transferu poznatkov a popularizácie vedy, vytvára podmienky pre adresnú vedeckú spoluprácu s praxou. Už v súčasnosti napĺňa prvé špecifické ciele projektu. V blízkej budúcnosti umožní vykonávať koncentrovaný inovatívny výskum v príslušných oblastiach, smerujúci k novým metódam a postupom vo výskume, vo väzbe na doktorandské študijné programy, na celospoločenské požiadavky praxe v oblastiach experimentálnych technológií potravín a výživy ľudí, experimentálnych biotechnológií, agrobiológie a rastlinnej produkcie, bioenergetiky a ekonomických štúdií.