Za posledných dvadsať rokov prešla SPU radikálnou transformáciou študijného systému. Vytvorili sa nové študijné programy, ktoré rozšírili spektrum možností štúdia v súlade s potrebami hospodárstva a šancou študentov uplatniť sa na trhu práce doma i v zahraničí.
Novinkou boli študijné programy vyučované v cudzom jazyku, čo otvorilo väčší priestor pre vzdelávanie zahraničných študentov na našej univerzite.
Výrazná pozornosť sa venovala aj celoživotnému vzdelávaniu. V školskom roku 1991/1992 začali navštevovať študijný odbor záhradníctvo prví študenti Univerzity tretieho veku. V roku 1993 boli založené ďalšie strediská UTV a ponuka sa rozšírila o nové študijné programy. Najväčší záujem bol o štúdium záhradníctva, zeleninárstva, kvetinárstva a okrasného sadovníctva, neskôr k nim pribudla aj ekonomika a manažment..
K procesu transformácie Slovenskej poľnohospodárskej univerzity v Nitre na univerzitný typ vzdelávacej inštitúcie prispelo aj zriadenie dvoch nových fakúlt. Fakulta biotechnológie a potravinárstva vznikla v roku 2002 odčlenením časti katedier z Agronomickej fakulty. Skvalitnila sa tak ponuka moderného vzdelávania v študijných programoch aplikovanej biológie, agropotravinárstva, biotechnológie, technológie a bezpečnosti potravín. V roku 2004 bola zriadená Fakulta európskych štúdií a regionálneho rozvoja. Jej vznik bol konkrétnym prejavom začlenenia univerzity do európskeho priestoru vysokoškolského vzdelávania, ktorý bol deklarovaný v Sorbonnskej a následne Bolonskej deklarácii. Zmenili sa tiež názvy dvoch fakúlt: Agronomickej, ktorá sa premenovala na Fakultu agrobiológie a potravinových zdrojov (2002) a Mechanizačnej, ktorá dostala názov Technická fakulta (2008).
S cieľom zvýšiť atraktívnosť univerzity pre medzinárodnú spoluprácu, ale aj transparentnosť, uznávanie štúdia a kvalitu realizácie mobilít, SPU ako prvá zo slovenských univerzít zaviedla kreditový vzdelávací systém ECTS. V roku 2009 získala z Ministerstva školstva SR dekrét o zaradení SPU medzi vysoké školy univerzitného typu a o rok neskôr ako jediná aj prestížne ocenenie Európskej komisie ECTS Label.
Slovenská poľnohospodárska univerzita v Nitre ponúka dnes na svojich šiestich fakultách štúdium v 41 programoch bakalárskeho, 28 programoch inžinierskeho a 21 programoch doktorandského štúdia. Ich nadstavbou je kvalitná cudzojazyčná príprava, prístup k informačným a komunikačným technológiám, výučba odborných predmetov v cudzích jazykoch, možnosť absolvovať časť štúdia na renomovaných zahraničných univerzitách.
Kvalitu našej univerzity potvrdzujú výsledky pedagogickej a vedeckovýskumnej činnosti a predovšetkým vyše 63-tisíc absolventov, ktorí za šesťdesiat rokov opustili brány svojej alma mater.
Prof. Dr. Ing. Imrich Okenka, PhD.
(rektor SPU: 1999/2000 - 2005/2006 )
Dr. h.c. Prof. Ing. Mikuláš Látečka, CSc.
(rektor SPU 2006/2007 – 2009/2010)
Dr.h.c. prof. h.c. prof. Ing. Peter Bielik, PhD.
(rektor SPU 2010/2011- doteraz )
