V roku 1985 bol odovzdaný do používania pavilón „S“, v ktorom boli umiestnené viaceré pracoviská Prevádzkovo-ekonomickej fakulty, novozriadené Audiovizuálne centrum VŠP a i. Z ďalších rozvojových aktivít treba spomenúť vybudovanie laboratória čerpadiel pod Zoborom, prístavbu mechanickej dielne Katedry energetiky Mechanizačnej fakulty, budovu pre Katedru mechanizácie živočíšnej výroby a potravinárskej výroby na Kalvárii a niektoré ďalšie menšie stavby.
Najväčšiu zmenu v histórii vysokej školy priniesol rok 1989. VŠP pohotovo zareagovala na spoločenské zmeny, predovšetkým na zmenu ekonomickej štruktúry krajiny. Začala zosúlaďovať výučbu s novými potrebami spoločenskej praxe transformáciou doterajšieho vzdelávacieho systém na flexibilný systém univerzitného typu. Transformačný proces na VŠP sa prejavil v raste študijných možností a foriem štúdia na jednotlivých fakultách.
V roku 1995 vznikla Fakulta záhradníctva a krajinného inžinierstva. Jej vznik podnietila najmä skutočnosť, že po vytvorení samostatnej Slovenskej republiky u nás chýbalo štúdium zamerané na záhradníctvo a záhradnú architektúru (ponúkala ho len Záhradnícka fakulta brnenskej MZLU v Lednici na Morave).
V zmysle zákona NR SR č. 324/1996 Zb. bola Vysoká škola poľnohospodárska v roku 1996 premenovaná na Slovenskú poľnohospodársku univerzitu v Nitre. O rok neskôr sa zmenil názov Prevádzkovo-ekonomickej fakulty na Fakultu ekonomiky a manažmentu.
V priestorovom vybavení školy nastala po roku 1989 pomerne zložitá situácia. V zmysle novoprijatých zákonov bolo treba riešiť umiestnenie viacerých pracovísk, v dôsledku povinnosti školy uvoľniť priestory pôvodným majiteľom. Išlo najmä o budovy na Kalvárii, kde dovtedy sídlila Mechanizačná fakulta a budovu okresného súdu, kde bola umiestnená knižnica. Pre Mechanizačnú fakultu bol v rokoch 2004 - 2005 postavený nový pavilón a pre Slovenskú poľnohospodársku knižnicu sa vybudovali priestory v bývalom závode Pleta na Štúrovej ulici. V roku 1998 bol odovzdaný do používania Študentský domov A. Bernoláka s kapacitou 300 lôžok a Pavilón záhradnej architektúry, v ktorom našla sídlo FZKI.
Prof. Ing. Michal Kováč, DrSc., člen korešpondent SAV
(rektor VŠP: 1980/1981 - 1989/1990)
Prof. Ing. Ladislav Kabát, CSc.
(rektor VŠP: 1990/1991 - 1995/1996)
Doc. Ing. Miroslav Zima, CSc.
(rektor SPU: 1996/1997 - 1998/1999)