Prvýmcieľom činnosti SRK bolo šíriť princípy Magny Charty Universitatum, najdôležitejšieho dokumentu týkajúceho sa autonómie vysokých škôl. V súvislosti so svojim členstvom v Konfederácií európskych rektorov (súčasnej Európskej asociácii univerzít) sa SRK etablovala ako inštitúcia, ktorá ovplyvňuje chod vysokých škôl a tvorbu vysokoškolskej politiky. V procese demokratizácie slovenskej spoločnosti pomáhala vytvárať nový obraz o Slovenskej republike v zahraničnej akademickej obci.
Slovenská rektorská konferencia nadviazala veľmi úzku spoluprácu s Radou vysokých škôl, Študentskou radou vysokých škôl a Ministerstvom školstva Slovenskej republiky a v oblasti vedy spolupracuje so Slovenskou akadémiou vied.
Cieľom výročného zasadnutia pléna SRK, ktoré sa konalo 28. novembra 2003, bolo bilancovať uplynulé roky pôsobenia a diskutovať o ďalších možnostiach rozvoja. Pozvanie naň prijal prezident Rudolf Schuster, minister školstva SR Martin Fronc a predseda Českej konferencie rektorov a rektor Univerzity Karlovej v Prahe Ivan Wilhelm. Na zasadnutí sa okrem čestných hostí zúčastnili aj súčasní a bývalí rektori vysokých škôl, prezidenti SRK a ministri školstva SR.
Prezident Rudolf Schuster vo svojom príhovore vyzdvihol reformné aktivity v súčasnom vysokoškolskom sektore a odmietol znižovanie rozpočtu vysokých škôl, pretože investície do vzdelania sú podľa jeho mienky z dlhodobého hľadiska pre štát najperspektívnejšie.
Prezident SRK a rektor Technickej univerzity v Košiciach Juraj Sinay v závere pripomenul, že diskusia o ďalších možnostiach pôsobenia SRK ukázala, že jedným z dôležitých cieľov jej činnosti bude nadviazanie užšej spolupráce so zamestnávateľmi v Slovenskej republike. V tejto súvislosti SRK spolu so Slovenskou obchodnou a priemyselnou komorou a Združením priemyselných zväzov SR pripravujú odborný seminár s názvom Sú vysoké školy skutočným bohatstvom SR? Dialóg so zamestnávateľmi, ktorý sa bude konať 27. apríla 2004 v Bratislave. SRK sa chce po dobudovaní personálnych štruktúr viac angažovať v súvislosti s novými trendmi vo vysokoškolskom vzdelávaní, jej snahou je nielen pôsobiť v oblasti legislatívy a vysokoškolskej politiky, ale intenzívnejšie aj v oblasti akademickej praxe.
