Rozvoj univerzít je všeobecne ovplyvnený najmä ich vedeckovýskumnou činnosťou. Tú stavia do popredia aj Zákon č. 131/2002 Z.z. v znení neskorších zmien a doplnení, keď v základných ustanoveniach uvádza poslanie a úlohy vysokých škôl: "Hlavnou úlohou vysokých škôl pri napĺňaní ich poslania je poskytovanie vysokoškolského vzdelávania a tvorivé vedecké bádanie". Najmä podľa výsledkov vedeckovýskumnej činnosti vysokej školy sa hodnotí a zaraďuje úspešnosť, teda rating a ranking, ako aj hodnotenie Akreditačnou komisiou vlády SR.
Vedenie SPU aj v roku 2005 kládlo maximálny dôraz na účinný rozvoj vedeckovýskumnej činnosti univerzity ako celku, a to nielen počtom riešených výskumných projektov, ale aj úspešnosťou riešenia, aplikáciou výsledkov riešených projektov do praxe a najmä vedeckou významnosťou riešených projektov. Správnosť tohto smerovania sa prejavila aj v zverejnených výsledkoch činnosti slovenských vysokých škôl za rok 2005 a v komparáciach slovenských univerzít, v hodnoteniach MŠ SR ako aj agentúry ARRA. Úspešnosť vo výskume SPU pozitívne ovplyvnilo výšku dotačných prostriedkov, počet miest interných doktorandov pridelených z MŠ SR a prejavilo sa to aj v hodnotení slovenských vysokých škôl za rok 2005.
V minulom roku sa slovenské univerzity mohli uchádzať o podporu svojich výskumných aktivít v celom rade grantových agentúr.
VEGA
Najviac projektov v rámci VEGA bolo podporovaných v Komisii pre poľnohospodárske, lesnícke a veterinárne vedy. Zrejme sa pozitívne prejavila skutočnosť, že projekty predkladané do komisie boli kvalitné a dobre spracované. V roku 2005 podporila agentúra 92 projektov SPU, čo nás radí na šieste miesto medzi slovenskými vysokými školami. Vo finančnom vyjadrení to bolo 22 494 tis. Sk, čo predstavuje štvrtý najvyšší objem finančných prostriedkov.
KEGA
Napriek tomu, že agentúra podporuje edukačné výskumné zámery, ktoré sa viažu predovšetkým na univerzity s fakultami s pedagogickým zameraním, získala SPU v roku 2005 podporu pre 20 výskumných projektov (7. miesto medzi VŠ) v celkovej čiastke 4 619 tis. Sk (4. miesto).
Aplikovaný výskum
V oblasti aplikovaného výskumu bolo v roku 2005 podporovaných celkom 74 projektov v celkovej čiastke 77 700 tis. Sk. Na SPU sa s podporou AV riešili dva projekty (7.-8. miesto ExEq) v čiastke 8 200 tis. Sk (5. miesto).
Medzinárodná vedecká a vedecko-technická spolupráca
V tejto významnej oblasti bolo v roku 2005 podporovaných 202 projektov vo finančnej čiastke 29 800 tis. Sk. Z dvadsiatich verejných vysokých škôl uspelo "len" desať. SPU získala podporu pre 14 projektov (5. miesto), čo vo finančnom vyjadrení predstavuje 2 017 tis. Sk (opäť 5. miesto). Vzhľadom na skutočnosť, že polovica slovenských vysokých škôl nezískala nijaký medzinárodný grant, možno výsledok SPU považovať za úspech.
Štátne programy výskumu a vývoja (ŠP VV)
ŠP VV predstavujú významný podiel výskumnej činnosti slovenských výskumných inštitúcií. Vyplýva to aj z výšky finančnej podpory. Účelová podpora riešenia úloh ŠP VV na vysokých školách predstavovala čiastku 155 097 tis. Sk, štátna účelová podpora 849 301 tis. Sk, spolu 1 004 398 tis. Sk. V sektore vysokých škôl získalo podporu spolu 111 projektov, v čiastke 138 122 tis. Sk. SPU získala podporu 12 projektov (4. miesto), čo vo finančnom vyjadrení predstavovalo 8 367 tis. Sk (5. miesto).
APVV
Agentúra podporovala v minulom roku 139 projektov vo finančnej čiastke 138 122 tis. Sk. Projekty boli absorbované len na desiatich vysokých školách. SPU získala v roku 2005 podporu 6 projektov (6. miesto), čo vo finančnom vyjadrení predstavovalo 7 610 tis. Sk (piaty najlepší výsledok medzi VŠ). V projektoch APVV boli slovenské vysoké školy úspešné, získali až 32,55% všetkých podporovaných projektov, kým napr. SAV 27,41%. Zaujímavá je aj skutočnosť, že 23,33% projektov získal "podnikateľský sektor".
Zahraničné projekty
V roku 2005 získali slovenské vysoké školy 158 zahraničných projektov vo finančnej čiastke 99 674 tis. Sk. Podieľalo sa na nich štrnásť slovenských vysokých škôl. SPU získalo podporu 14 projektov (4. miesto), vo finančnom vyjadrení 8 761 tis. Sk (4. miesto).
Počet pridelených miest interných doktorandov pre rok 2006 určovalo ministerstvo školstva najmä na základe grantovej úspešnosti v rokoch 2004 a 2005. Kritériami boli: objem domácich grantov, objem zahraničných grantov, počet denných doktorandov po dizertačnej skúške, počet denných doktorandov - absolventov, počet externých doktorandov - absolventov a podiel vysokej školy na publikačnej činnosti. Výsledkom týchto parametrov je tzv. "výkon vo výskume" príslušnej VŠ. Celkový výkon SPU v uvedených rokoch predstavuje 6,7 % (z celkových 99,2%). V tomto komplexnom kritériu SPU obsadila piate miesto. Je to absolútny parameter, nezohľadňuje počet tvorivých pracovníkov, ktorí sa na daných výkonoch podieľajú. Pokiaľ sa výkonnosť prepočíta na jedného tvorivého zamestnanca, tak SPU patrí 2. miesto, po STU Bratislava.
