Dekan Fakulty biotechnológie a potravinárstva vymenoval do funkcií prodekanov na obdobie od 1. 2. 2007 do 31. 1. 2011: prof. Ing. Jaroslava Kováčika, PhD. (pre rozvoj fakulty a personálnu prácu, štatutárny zástupca), doc. Ing. Helenu Frančákovú, CSc. (pre výchovno-vzdelávaciu činnosť a prax), doc. RNDr. Zdenku Gálovú, CSc. (pre vedeckovýskumnú činnosť a doktorandské štúdium) a Ing. Annu Michalcovú, PhD. (pre zahraničné vzťahy, koordinátorka ECTS).
Do funkcií prodekanov na Mechanizačnej fakulte boli vymenovaní: doc. Ing. Štefan Pogran, CSc. (pre personálnu práca a styk s verejnosťou, štatutárny zástupca), RNDr. Zuzana Hlaváčová, CSc. (pre výchovno-vzdelávaciu činnosť na prvom stupni štúdia a zahraničné vzťahy), Ing. Roman Gálik, PhD. (pre výchovno-vzdelávaciu činnosť na druhom stupni štúdia a rozvoj fakulty), doc. Ing. Ján Gaduš, PhD. (pre vedeckovýskumnú činnosť a tretí stupeň štúdia).